Vào những năm đầu của thập niên 80 để hưởng ứng Thập niên nước uống và vệ sinh môi trường Thế giới do Liên Hợp Quốc phát động (1981-1990), vào đầu năm 1982 Chính phủ Việt Nam đã thành lập Uỷ ban quốc gia về nước uống và vệ sinh môi trường với chức năng tư vấn Chiến lược về cấp nước và vệ sinh môi trường. Cũng trong năm đó, tổ chức Quĩ Nhi đồng Liên Hợp Quốc (Unicef) bắt đầu viện trợ cho Việt nam Chương trình nước sinh hoạt nông thôn tài khoá đầu tiên (1982 - 1986). Tiếp nhận Chương trình ở cấp Trung ương là Bộ Lao động - Thương binh và Xã hôi (đơn vị trực tiếp quản lý là Chương trình Quốc gia nước sinh hoạt nông thôn, sau đổi tên thành Ban quản lý Chương trình nước sinh hoạt nông thôn - tiền thân của Trung tâm Quốc gia nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn); ở cấp địa phương là Chương trình nước sinh hoạt nông thôn tỉnh trực thuộc Sở Lao động TB&XH. Hai năm đầu Chương trình được triển khai ở 3 tỉnh đồng bằng sông Cửu long, đến năm 1984 mở rộng ra 6 tỉnh và đến năm 1993 mở rộng ra 53 tỉnh thành trong cả nước (nay là 64 tỉnh).

Đến năm 1995 theo nghị định số 26/CP ngày 17/4/1995 của Chính phủ, Ban quản lý chương trình được chuyển về Bộ nông nghiệp và PTNT và được đổi tên thành Trung tâm nước sinh hoạt và vệ sinh môi trường nông thôn theo Quyết định số 236/QĐ-BNN-TCCB ngày 12/12/1995. Tại các địa phương cũng đổi tên thành các Trung tâm nước sinh hoạt và VSMT nông thôn trực thuộc Sở nông nghiệp và PTNT theo Quyết định số 852/TTg ngày 28/12/1995 và Thông tư hướng dẫn số 07/LB/TT ngày 24/4/1996 của liên Bộ lao động TB&XH và Ban tổ chức cán bộ chính phủ.

Thực hiện Nghị định số 86/2003/NĐ-CP ngày 18/7/2003 của Chính phủ về việc qui định chức năng, nhiệm vụ và tổ chức Bộ máy của Bộ Nông nghiệp và PTNT, một lần nữa Trung tâm được đổi tên thành Trung tâm nước sạch và VSMT nông thôn với nhiệm vụ chính là giúp Bộ triển khai các chương trình, dự án trong nước và Quốc tế về lĩnh vực cấp nước sinh hoạt và vệ sinh môi trường nông thôn tại Việt Nam (Quyết định số 122/2003/QĐ-BNN ngày 10/11/2003).

Trong cải cách hành chính và xu thế hội nhập quốc tế của Việt Nam cần làm rõ và minh bạch các chức năng quản lý nhà nước; chức năng hoạt động sự nghiệp, hỗ trợ kỹ thuật; cấp dịch vụ (bao gồm cả xu hướng xã hội hoá dịch vụ công trong lĩnh vực NS & VSMTNT), chức năng kinh doanh. Việc phân tách các chức năng nói trên theo phương cách của quốc tế và khu vực giúp lĩnh vực nước sạch và VSMTNT nói chung và Trung tâm có điều kiện hoà nhập nhiều hơn vào các hoạt động liên quan trên phạm vi thế giới, đặc biệt trong các nước Đông nam Á. Mặt khác giúp các tổ chức quốc tế, các quốc gia có hiểu biết rõ ràng hơn để hỗ trợ có hiệu quả hơn cho các cơ quan, đơn vị liên quan theo đúng chức năng, nhiệm vụ của mình. Trong hoàn cảnh hiện nay có nhiều cơ hội để Nước sạch và VSMTNT tiếp tục nhận được sự trợ giúp của nhiều tổ chức quốc tế, quốc gia. Đến nay 15 nhà tài trợ nước ngoài đã tham gia Chương trình quan hệ đối tác cấp nước và VSNT, trong đó những nhà tài trợ tiềm năng như DANIDA, AusAid, Hà Lan, Ngân hàng Thế giới, Ngân hàng phát triển Châu Á... bên cạnh những nhà tài trợ đã và đang viện trợ ODA cho Trung tâm như UNICEF, JICA (Nhật Bản).. Phạm vi hỗ trợ không chỉ đầu tư xây dựng công trình mà còn bao gồm các hoạt động nâng cao năng lực, phát triển nguồn nhân lực, thông tin - giáo dục - truyền thông, giám sát và đáng giá.

Để hoạt động cấp nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn phát triển bền vững, số lượng người dân được hưởng các dịch vụ nước sạch và VSMT nông thôn ngày càng lớn, mức độ dịch vụ ngày càng tốt đáp ứng được các mục tiêu của Chương trình MTQG và Chiến lược quốc gia, trong lĩnh vực cấp nước sạch và VSMTNT cần phải tăng cường các hoạt động dịch vụ công.

Trước tình hình đó Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã ký Quyết định số 45/2008/QĐ-BNN ngày 11/3/2008 Quy định chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn. Theo đó Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, phục vụ quản lý nhà nước của Bộ trong lĩnh vực nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn trên phạm vi cả nước.

Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn theo khoản 24 Điều 3 của Nghị định 01/2008/NĐ-CP ngày 03 tháng 01 năm 2008 của Chính phủ, được tổ chức lại trên cơ sở Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn, có tư cách pháp nhân, có kinh phí hoạt động từ ngân sách, có con dấu và mở tài khoản riêng, là đơn vị sự nghiệp khác hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm áp dụng đối với sự nghiệp công lập theo quy định của pháp luật.