Tiêu chí môi trường được xác định là tiêu chí khó ngay từ khi triển khai chương trình xây dựng nông thôn mới giai đoạn 2010-2020, do vấn đề này trước đây chưa quan tâm đúng mức, để tồn lưu nhiều bất cập cả trong việc chấp hành cũng như công tác quản lý về bảo vệ môi trường. Ngoài ra, yêu cầu của tiêu chí môi trường có sự thay đổi từ quy định chỉ cần đảm bảo mức cơ bản đạt của tỉnh trong giai đoạn năm 2013-2015 sang phải đạt chuẩn quốc gia nếu xét công nhận đạt xã nông thôn mới sau năm 2015, vì vậy các ngành, các huyện, thành phố phải hướng dẫn và hỗ trợ để các địa phương đã được công nhận xã nông thôn mới giai đoạn trước tiếp tục thực hiện tiêu chí môi trường theo chuẩn mới.