Ngày 12/9/2015, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã ký Quyết định số 3906/QĐ-BNN-TCCB Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn. Theo đó Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn có chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn như sau:

I. Vị trí và chức năng
1. Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn (sau đây gọi tắt là Trung tâm) là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có chức năng kiểm nghiệm chất lượng nước và môi trường nông thôn; thông tin và truyền thông; nghiên cứu ứng dụng và chuyển giao công nghệ; hợp tác quốc tế, đào tạo; tư vấn và dịch vụ về nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn trong phạm vi cả nước.
2. Trung tâm có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng để hoạt động theo quy định của pháp luật. Trụ sở chính của Trung tâm đặt tại thành phố Hà Nội.
Kinh phí hoạt động của Trung tâm được bố trí từ ngân sách nhà nước và các nguồn thu hợp pháp khác theo quy định của pháp luật.
3. Tên giao dịch quốc tế bằng tiếng Anh: National Center for Rural Water Supply and Environmental Sanitation; tên viết tắt: NCERWASS.
II. Nhiệm vụ và quyền hạn
1. Xây dựng và trình Bộ:
a) Chiến lược, cơ chế chính sách, quy hoạch, kế hoạch phát triển dài hạn, năm năm và hàng năm; các chương trình, đề án thuộc lĩnh vực nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn thuộc nhiệm vụ của Trung tâm và tổ chức thực hiện sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
b) Tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, định mức kinh tế kỹ thuật, các tài liệu hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ về nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn thuộc nhiệm vụ của Trung tâm và quy định của pháp luật.
2. Xây dựng và quản lý cơ sở dữ liệu về nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn phục vụ nhiệm vụ quản lý nhà nước của Bộ theo phân công của Bộ trưởng và quy định của pháp luật.
3. Kiểm nghiệm chất lượng nước và môi trường nông thôn.
4. Hướng dẫn chuyên môn nghiệp vụ về khai thác, sử dụng, bảo vệ các công trình cấp thoát nước sinh hoạt nông thôn và quản lý chất lượng nước sạch nông thôn.
5. Đào tạo, bồi dưỡng, tập huấn chuyên môn, nghiệp vụ nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn theo phân công của Bộ trưởng và quy định của pháp luật.
6. Nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ về:
a) Cấp nước sạch, xử lý nước, chất thải và vệ sinh môi trường nông thôn;
b) Ảnh hưởng của biến đổi khí hậu đến nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn.
7. Thông tin khoa học, công nghệ, môi trường, phát hành tạp chí, bản tin, trang thông tin điện tử về nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn theo quy định của pháp luật.
8. Hợp tác quốc tế về nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn theo phân công của Bộ trưởng và quy định của pháp luật.
9. Liên doanh liên kết với các tổ chức, cá nhân để hoạt động dịch vụ đáp ứng yêu cầu của xã hội theo quy định của pháp luật; tổ chức thực hiện các hoạt động dịch vụ phù hợp với lĩnh vực chuyên môn, khả năng của đơn vị và đúng quy định của pháp luật.
10. Tư vấn và dịch vụ về:
a) Quy hoạch; khảo sát, thiết kế, giám sát;
b) Thăm dò khai thác nước ngầm, nước mặt; cung ứng vật tư thiết bị;
c) Kiểm nghiệm chất lượng nước và môi trường;
d) Đánh giá tác động môi trường và môi trường chiến lược về nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn theo quy định của pháp luật.
11. Thực hiện chế độ báo cáo, thống kê, kiểm tra, thanh tra theo quy định.
12. Xây dựng trình Bộ đề án việc làm; quản lý tổ chức bộ máy, biên chế công chức theo ngạch, số lượng viên chức theo chức danh nghề nghiệp và người lao động của đơn vị theo quy định của pháp luật.
13. Quản lý cơ sở vật chất, tài chính, tài sản, phương tiện và các nguồn lực khác của Trung tâm theo quy định của pháp luật.
14. Quyết định việc mời chuyên gia, các nhà khoa học nước ngoài vào Việt Nam và cử công chức ra nước ngoài công tác theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý cán bộ của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
15. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn giao.